Al pasearnos por las rutas vemos que la hora del día influye en qué especies de pokémon vamos a encontrarnos y también vemos ahora que acompañando a los 150 pokémon ya conocidos existen 100 pokémon nuevos que iremos descubriendo. Esta vez aparte de los métodos ya conocidos para obtener pokémon, podremos conseguir algunos pokémon usando golpe cabeza en ciertos árboles y también encontrar pokémon escondidos debajo de rocas. También se agrega la dinámica de la crianza, por la que para llenar la pokédex deberás sacarles crías a determinados pokémon. Otra adición son los objetos equipables, unos otorgan beneficios en batallas y otros producen la evolución de determinados pokémon al ser intercambiados teniendo equipado dicho objeto. También vemos que los pokémon han estrechado mayores vínculos con sus entrenadores al punto de que la amistad es una nueva característica en los pokémon y algunos de estos evolucionan cuando tienen un alto grado de amistad con su entrenador. De esta forma vemos como estos nuevos pokémon son aprovechados para utilizar las nuevas dinámicas introducidas en esta generación.
Los pokémon introducidos en Johto personalmente considero que son los más destacables, no solo por su relación con pokémon de la primera generación, sino que muchos de estos son tan extraños y otros tienen características que los hacen demasiado peculiares, citando ejemplos: Shuckle con sus excesivas defensas y escaso ataque y velocidad, Wobuffet que solo contraataca o Unown que subiendo de nivel solo aprende un movimiento.
Respecto a los entrenadores, estos empiezan a mostrar más interés en tener buenos vínculos con sus pokémon y a su vez ser mejores entrenadores. Esta es la generación que le da un mayor aprovechamiento a los NPCs, ya que con la opción del teléfono cualquier entrenador nos llamara para entablar un combate, darnos un objeto, contarnos que un pokémon raro empezó a aparecer con más frecuencia o simplemente contarnos como estuvo su día.
Y ahora hablando de los desafíos del juego tenemos a los líderes de gimnasio.